Když roce 2002 rozhodl dánský parlament o zapojení Dánska do operace Active Endeavour proti mezinárodnímu terorismu ve Středomoří, vyslal tím Saelen na 385 dnů trvající plavbu. 10. 06. 2002 odplula Saelen z námořní základny Frederikshavn do Středomoří s plánemovaným návratem v lednu 2003. Po plavbě přes Krétu, dorazila ponorka na začátku srpna na tureckou námořní základnu Aksaz. Po tříměsíčním hlídkování počátkem prosince byla na plánu poslední hlídka a potom zbývalo jen otočit příď směr Dánsko a domů. Dánská vláda, ale s ohledem na možné budoucí operace proti Iráku rozhodla, když už ponorka byla na půl cesty ji přesunout do Perského zálivu, kdy by byla připravena k nasazení, pokud by parlament později přijal takové rozhodnutí. Saelen tak jako první dánská ponorka proplula v únoru 2003 Suezský průplav a přes Rudé moře a Indický Oceán doplula 14.3.2002 do Bahrajnu. 21.3.2003 se stala součástí operace Iraqi Freedom a Saelen se tak stala jedinou dánskou ponorkou nasazenou ve válce. Po ukončení operace Iraqi Freedom se Saelen vrátila do Dánska na palubě nákladní lodi, kde po vyložení 1.7.2003 ukončila nejdelší plavbu dánské ponorky.